곰팡이 포자나 균사 표면에 존재하는 이러한 독성 물질들은 눈, 피부, 목, 폐 등을 자극하고 심할 경우 여러 가지 질병의 원인이 되기도 한다. 곰팡이를 만지거나 포자를 호흡하는 경우, 혹은 오염된 음식물을 섭취하는 경우에는 점막 자극, 피부발진, 메스꺼움, 무좀, 효모성 감염, 면역체계 이상, 만성 및 급성 간 손상, 중추신경계 손상이 나타날 수 있다.

또한 곰팡이는 대사 과정에서 미생물 휘발성 유기화합물인 악취를 생성하여 두통, 코 자극, 현기증, 피로 등 여러 증상을 유발하며 곰팡이 알레르기는 곰팡이를 흡입하거나 만졌을 때 나타나는 재채기, 콧물, 결막염, 피부발진과 같은 증상을 말하는데, 곰팡이로 인한 질병 중 가장 흔하면서도 사람들이 제대로 인지하지 못하는 경우가 많다. 곰팡이 알레르기는 균사 세포나 포자에 의해 발생하며, 장기간 노출되는 경우 알레르기에 민감하지 않은 사람도 증상을 일으킬 수 있다. 알레르기 환자들은 곰팡이 흡입으로 인해 천식 발작을 일으킬 수 있으며, 알레르기 환자가 아니라고 해도 곰팡이를 장기간 흡입하면 과민성 폐렴이나 천식에 이를 수 있다.

만약 실내에서 퀴퀴한 냄새가 난다면 어디선가 곰팡이가 자라고 있다는 것이다. 여름철에는 곰팡이 성장 속도가 빨라 그 상태를 방치하면 오염이 확산되어 여러 가지 질병을 유발할 수 있다.